УДК 619:616.98:578.842.2:575.224.22:636.4
DOI: 10.36871/vet.zoo.bio.202210010

Авторы

Роман Сергеевич Чернышев,
Александр Владимирович Спрыгин,
Андрей Романович Шотин,
Алексей Сергеевич Иголкин,
Али Мазлум,
Федеральный центр охраны здоровья животных («ВНИИЗЖ»), Владимир, Российская Федерация

Аннотация

Африканская чума свиней (АЧС) – инфекционная болезнь свиней вирусной этиологии, характеризующаяся геморрагической лихорадкой и летальностью, достигающей 100 % у восприимчивого поголовья. Современная эпизоотия АЧС (с 2007 г. по настоящее время) в Российской Федерации, странах Европы, Азии, Америки и Океании нанесла значительный экономический ущерб, оцениваемый в миллиарды долларов. К сожалению, эпизоотия не утихает, а охватывает со временем большее число регионов и стран. Как показывает практика, ни одна страна в мире или регион не защищены от риска заноса инфекции. В июле 2020 г. впервые в Забайкальском крае России была нотифицирована вспышка АЧС среди домашних свиней, содержащихся в ЛПХ, а через 2 недели – в лесном массиве, прилегающем к эпизоотическому очагу, был обнаружен труп дикого кабана с лабораторно подтвержденным впоследствии положительным диагнозом на АЧС.
В данном исследовании приведен анализ полногеномной последовательности изолята «ASFV/Zabaykali 2020/ DP-4905», выделенного от домашней свиньи, в сравнении с изолятом «ASFV/Zabaykali 2020/ WB-5314», выделенным от дикого кабана. Геном «ASFV/Zabaykali 2020/DP-4905» имеет размер в 189451 п.н., кодирует 189 открытых рамок считывания (ОРС), показывает идентичность референс-штамму Georgia 2007/1 на 99,8% и изоляту «ASFV/Zabaykali 2020/WB-5314» на 99,8%. Оба изолята из Забайкальского края не имеют дополнительной инсерции тандемных повторов (TRS) в межгенной области I73R/I329L, а также принадлежат к I субгруппе совместно с Georgia 2007/1 на основании отсутствия олигонуклеотидного полиморфизма (ОНП) в CVR гена B602L. Также идентифицирована уникальная замена С на G в позиции 204 ОРС E199L, не наблюдаемая у ранее выявленных в России и странах Евразии изолятов вируса АЧС. Таким образом, данная ОРС может рассматриваться как новый генетический маркер при кластеризации изолятов в результате наличия новых обнаруженных ОНП, позволяющих распределять изоляты вируса АЧС на 7 групп.

Ключевые слова

африканская чума свиней, АЧС, полногеномное секвенирование, филогенетический анализ, генетические маркеры, дикий кабан, домашняя свинья