УДК 619
DOI: 10.36871/vet.zoo.bio.202502111

Авторы

Константин Валерьевич Усольцев,
Рафкат Искандарович Шангараев,
Мария Евгеньевна Горбунова,
Камиль Саубанович Хаертынов,
Константин Анатольевич Осянин,
Наиль Ильдарович Хаммадов,
Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности, Казань, Россия
Алина Ильфатовна Хамидуллина,
Казанская государственная академия ветеринарной медицины имени Н. Э. Баумана, Казань, Россия

Аннотация

Лептоспироз – широко распространенная природно-очаговая зоонозная болезнь, угрожающая эпидемическому и эпизоотическому благополучию. Для лабораторной диагностики лептоспироза разработаны бактериологические, серологические и молекулярно-генетические методы. В образцах исследуемого материала, полученного от животных и из окружающей среды, патогенные лептоспиры в большинстве случаев присутствуют в малом количестве, поэтому метод гнездовой полимеразной цепной реакции (ПЦР) из-за более высокой чувствительности и специфичности является одним из оптимальных методов выявления этих возбудителей. В данном исследовании проведен биоинформационный анализ нуклеотидных последовательностей гена lipL32 патогенных лептоспир серогрупп Canicola, Grippotyphosa, Hebdomadis, Icterohaemorragiae, Pomona, Tarassovi и Sejroe. На основании результатов биоинформационного анализа были выбраны наиболее специфичные участки и разработана комбинация внешних и внутренних пар праймеров, а также флуоресцентно-меченный олигонуклеотидный зонд со следующими характеристиками: ГЦ-состав (%) и температура плавления (Tm) праймеров варьировали от 44,0 до 59,1 % и от 55,1 до 61,6 ºС соответственно. Методом множественного выравнивания было установлено, что зоны «отжига» праймеров у большинства последовательностей, кроме Genbank ID AY609330, AY461909, AY609332 и JN886738, не имеют нуклеотидных замен. Однако у этих сиквенсов эти замены единичные и не должны снижать эффективность амплификации искомого локуса гена lipL32.

Ключевые слова

биоинформационный анализ, гнездовая ПЦР, нуклеотидные последовательности, патогенные лептоспиры