УДК 636.2.034 / 575.174
DOI: 10.36871/vet.zoo.bio.202602113

Авторы

Андрей Георгиевич Кощаев,
Елена Михайловна Аврахам,
Кубанский государственный аграрный университет имени И. Т. Трубилина, Краснодар, Россия

Аннотация

Интенсивная геномная селекция голштинского скота обеспечивает значительный рост молочной продуктивности, однако сопровождается увеличением уровня инбридинга и сужением генетического разнообразия. В современных условиях именно оценка геномной структуры стада, степени инбридинга и его  последствий становится ключевым инструментом для поддержания устойчивости селекционных программ и предотвращения инбридинг-депрессии. Цели настоящего исследования заключались в комплексной характеристике геномного инбридинга на основе участков гомозиготности (ROH), оценке эффективной численности популяции (Ne) и анализе влияния инбридинга на показатели продуктивных качеств молочного направления у коров голштинской породы, что имеет ключевое значение для совершенствования селекционных программ.
В исследование включены 410 животных, генотипированных микрочипом Illumina BovineSNP50 BeadChip (43 486 SNP после контроля качества). Участки гомозиготности идентифицировали методом скрытых марковских моделей. Геномный коэффициент инбридинга (F_ ROH) определяли как долю аутосомного генома, покрытого ROH. Эффективную численность популяции (Ne) оценивали на основе межхромосомного неравновесия по сцеплению (LD). Депрессию инбридинга оценивали с помощью регрессионного анализа, моделируя зависимость фенотипических показателей от геномного коэффициента инбридинга F_ROH.
Результаты исследования могут быть использованы для повышения точности геномной селекции и разработки устойчивых селекционных стратегий, оптимизации программ подбора пар, управления инбридингом и предотвращения инбридинг-депрессии.

Ключевые слова

голштинская порода, геномная селекция, геномный инбридинг, участки гомозиготности (ROH), эффективная численность популяции (Ne), молочная продуктивность

Список литературы

  1. Ablondi M., Summer A., Stocco G. et al. The role of inbreeding depression on productive performance in the Italian Holstein breed // Journal of Animal Science. 2023. Vol. 101. Article: skad382.
  2. Doekes H. P., Bijma P., Veerkamp R. F. et al. Inbreeding depression across the genome of Dutch Holstein Friesian dairy cattle // Genet Sel Evol. 2020. Vol. 52. No. 64.
  3. Genome-Wide Analysis of Milk Production Traits and Selection Signatures in Serbian Holstein-Friesian Cattle // MDPI. 2024.
  4. Hartl D. L., Clark A. G. Principles of Population Genetics. 4th ed. – Sinauer Associates, 2007.
  5. Hill W. G., Robertson A. Linkage disequilibrium in finite populations // Theoretical and Applied Genetics. 1968. Vol. 38. Pр. 226–231.
  6. McQuillan R., Leutenegger A.-L., Abdel-Rahman R. et al. Runs of homozygosity in European populations // American Journal of Human Genetics. 2008. Vol. 83. No. 3. Pр. 359–372.
  7. Mishina A. I., Abdelmanova A. S., Dotsev A. V. et al. PSI-B-23 Assessment of genomic inbreeding in Russian local and commercial dairy breeds of cattle // Journal of Animal Science. 2021. Vol. 99. Suppl 3. Pр. 227–228.
  8. Mugambe J., Ahmed R. H., Thaller G. et al. Impact of inbreeding on production, fertility, and health traits in German Holstein dairy cattle utilizing various inbreeding estimators // Journal of Dairy Science. 2024. Vol. 107. No. 7. Pр. 4714–4725.
  9. Narasimhan V. M., Danecek P., Scally A. et al. BCFtools/RoH: a hidden Markov model approach for detecting autozygosity from next-generation sequencing data // Bioinformatics. 2016. Vol. 32. No. 11. Pр. 1749–1751.
  10. Speed D., Hemani G., Johnson M. R. et al. Improved heritability estimation from genome-wide SNPs // American Journal of Human Genetics. 2012. Vol. 91. No. 6. Pр. 1011–1021.
  11. VanRaden P. M. Efficient methods to compute genomic predictions // Journal of Dairy Science. 2008. Vol. 91. No. 11. Pр. 4414–4423.
  12. Yang J., Benyamin B., McEvoy B. P. et al. Common SNPs explain a large proportion of the heritability for human height // Nature Genetics. 2010. Vol. 42. Pр. 565–569.